Teniendo en cuenta que clasifican automáticamente los equipos que se ubican en la primera y segunda posición, la lista es la siguiente:
1. Atlético Júnior (18 pts) – GRUPO A
2. Atlético Bucaramanga (17 pts) – GRUPO C
3. Deportivo Pasto (15 pts, 0 en gol diferencia y 7 goles a favor) – GRUPO E
4. Deportes Tolima (15 pts, 0 en gol diferencia y 18 goles a favor) – GRUPO F
Por tal razón los enfrentamientos en la segunda fase de la Copa Postobón 2013 son los siguientes:
Llave 1: Real Cartagena (Primer Grupo A) vs Atlético Bucaramanga (Mejor tercero 2)
Llave 2: Atlético Nacional (Primero Grupo B) vs Deportivo Pasto (Mejor tercero 3)
Llave 3: Boyacá Chicó FC (Primer Grupo C) vs Dep. Tolima (Mejor tercero 4)
Llave 4: Millonarios (Primer Grupo D) vs Atl. Junior (Mejor tercero 1)
Llave 5: Deportivo Cali (Primero Grupo E) vs Unión Magdalena (Segundo Grupo A)
Llave 6: Deportes Quindío (Primero Grupo F) vs Medellin (Segundo Grupo B)
Llave 7: Alianza Petrolera (Segundo Grupo C) vs Santa Fe o Expreso Rojo (Segundo Grupo D)
Llave 8: América de Cali (Segundo grupo E) vs * Once Caldas o * Fortaleza (Segundo Grupo F) - * A la espera del fallo definitivo.